أثناء ركوبه مع جاك أتلس وكرو هوجا ، تم التقاط لعبة Stardust Dragon من يوسي فودو بواسطة باردوكس، وهو مبارز غامض من المستقبل ، أثناء المبارزة يتحول إلى وحش بمساعدة من قرمزي التنين، يطارد يوسي باردوكس ويدخل فجوة الوقت ، ويذهب في الماضي. خلال هذا الوقت ، يتقاطع باردوكس مع جايدن ، الذي ما زال قادرًا على استخدام صلاحيات يوبل والملك الأعلى. ومع ذلك ، بحلول هذا الوقت ، يستحوذ باردوكس أيضًا على Cyber End Dragon و Rainbow Dragon ويتغلب على جايدن. و يتم انقاذه بفضل يوسي والتنين قرمزي. يخبر جادين يوسي بنوايا بارادوكس الحقيقية. من خلال سرقة العديد من الوحوش عبر الزمن وتحويلها إلى الظلام ، وتخطيطه لقتل ماكسمليون بيغاسوس ، مؤسس مبارزة الوحوش ، لمنع إنشاء اللعبة وتسبب أحداث السلسلة الثلاث في عدم حدوثها أبدًا. يوسي وجادن يتفقان على ملاحقة باردوكس ، مما يضطرهما للسفر إلى الماضي ولقاء مع ملك الألعاب، يوغي موتو. ومع ذلك ، بحلول الوقت الذي وصل فيه يوسي وجادن ، كان بارادوكس قد هاجم ، ويفترض أنه قتل كلا من بيجاسوس وجد يوجي ، وتمكن أيضًا من سرقة التنين الأزرق وايت وإين ريد بلاك آي دراغون. بعد شرح كل شيء ليوغي ، يوافق على القتال مع يوسي و جايدن ضد باردوكس في المبارزة الثلاثية المطلقة لتحرير الوحوش المحتجزة وإنقاذ العالم والوقت نفسه قبل فوات الأوان
