لقد كانت تجربة علمية ناجحة خاطئة بشكل فظيع. عندما يكتشف فريق من العلماء الحمض النووي لبوكيمون ميو القديم ، قاموا بتسخير الإمكانات الموجودة فيه في محاولة لخلق السلاح الحي المطلق. مع تقنيات الاستنساخ المتقدمة والموارد المقدمة لهم من قبل زعيم نقابة الجرائم الجماعية Team Rocket Giovanni ، ينجح العلماء في إنشاء نفسية قوية بوكيمون ، Mewtwo. البوكيمون: يكشف Mewtwo no Gyakushuu عن القوة المرعبة لـ Mewtwo لأنه يعلم أنه لم يتم إنشاؤه ليكون تجربة فقط ، ولكن أيضًا ليكون أداة للتعامل مع جيوفاني الشرير. يبتعد عن سيطرته ، يقوم Mewtwo بإنشاء حصن جزيرة خاص به ويعيد بناء تكنولوجيا الاستنساخ التي أعطته الحياة. تحت ستار كونه مدربًا محترفًا في بوكيمون ، يجذب Mewtwo أفضل المدربين في العالم إلى قاعدته. ومن بين هؤلاء المدربين آش كيتشوم ، وبوكيمون بيكاتشو المخلص ، وأصدقائهم بروك وميستي. متحدون معًا والبشر والبوكيمون على حدٍ سواء ، يجب ألا يكتشفوا فقط السر الخفي لخطط Mewtwo ، ولكن عليهم الوقوف ضد قوته المرعبة. إذا فشلوا ، فإن انتقام Mewtwo لن يؤدي فقط إلى الاستبداد على جميع البوكيمون ، ولكن أيضًا انقراض الجنس البشري.
