قصة فيلم Detective Conan Movie 03: The Last Wizard of the Century تبدأ بعد إرسال كايتو كيد رسالة بها لغز إلى الشرطة متحديًا سرقة بيضة ثمينة تسمى بيضة الذكريات، والتي سيتم عرضها في متحف سوزوكي. وفي اليوم المحدد، يسرق كيد البيضة بنجاح ويفر بطائرته الشراعية، ولكن يتمكن كونان إيدوجاوا وهيجي هاتوري من مطاردته، وفي منتصف المطاردة، يُطْلَق النار على عين كايتو كيد اليمنى بواسطة شخص مجهول، فمَن هو؟ وما دوافعه؟
